A par do cemitério dos Prazeres, o cemitério do Alto de São João, foi mandado construir pela Rainha Dona Maria II, na sequência da epidemia de cólera morbus, em 1833. Foi, durante mais de um século o primeiro cemitério da cidade escolhido pela Primeira República como local para homenagear os seus heróis, entre os quais Cândido dos Reis, Miguel Bombarda e Elias Garcia. O primeiro crematório de Portugal foi aqui construído em 1925, desativado 11 anos depois durante o Estado Novo, e reactivado em 1985. Desde então tem vindo a expandir-se, continuando a conter a cidade consolidada, à semelhança do Cemitério dos Prazeres.

O cemitério do Alto de São João apresenta um modelo de distribuição semelhante ao cemitério Pere-Lachaise em Paris, com a edificação da capela funerária no centro e divisão ortogonal dos talhões.